1、產(chǎn)權關系不同。特許經(jīng)營是獨立主體之間的合同關系，各個特許加盟店的資本是相互獨立的，與總部之間沒有資產(chǎn)紐帶；而直營連鎖店都屬于同一資本所有，各個連鎖店由總部所有并直接運營、集中管理。這是特許經(jīng)營與直營連鎖最本質(zhì)的區(qū)別。特許經(jīng)營總部由于利用他人的資金迅速擴大產(chǎn)品的市場占有率，所需資金較少。相比之下，直營連鎖的發(fā)展更易受到資金和人員的限制。

　　2、法律關系不同。特許經(jīng)營中特許人（總部）和被特許人（加盟店）之間的關系是合同關系，雙方通過訂立特許經(jīng)營合同建立起關系，并通過合同明確各自的權利和義務。而直營連鎖中總部與分店之間的關系則由內(nèi)部管理制度進行調(diào)整。

　　3、管理模式不同。特許經(jīng)營的核心是特許經(jīng)營權的轉(zhuǎn)讓，特許人（總部）是轉(zhuǎn)讓方，被特許人（加盟店）是接受方，特許經(jīng)營體系是通過特許者與被特許者簽訂特許經(jīng)營合同形成的。各個加盟店的人事和財務關系相互獨立，特許人無權進行干涉。而在直營連鎖經(jīng)營中，總部對各分店擁有所有權，對分店經(jīng)營中的各項具體事務均有決定權，分店經(jīng)理作為總部的一名雇員，完全按總部意志行事。

　　4、涉及的經(jīng)營領域不完全相同。直營連鎖的范圍一般限于商業(yè)和服務業(yè)，而特許經(jīng)營的范圍則寬廣得多，除商業(yè)、零售業(yè)、服務業(yè)、餐飲業(yè)、制造業(yè)、高科技信息產(chǎn)業(yè)等領域外，在制造業(yè)也被廣泛應用。